基于LCMS-IT-TOF和解析軟件的蛋白質(zhì)變動(dòng)成分解析

已知基于基因信息在生物體內(nèi)進(jìn)行表達(dá)的蛋白質(zhì)，其表達(dá)與以癌為代表的各類(lèi)疾病相應(yīng)發(fā)生特異性變動(dòng)。

作為檢測(cè)上述蛋白質(zhì)的量/質(zhì)的變化的手段，有多種手段。使用納升LC進(jìn)行肽成分的分離，通過(guò)組合使用LCMS-IT-TOF及統(tǒng)計(jì)解析軟件，解析、鑒定變動(dòng)成分也是方法之一。在此介紹這些方法。

對(duì)于胰蛋白酶酶切的酵母提取蛋白質(zhì)組(200fmol)及酵母提取蛋白質(zhì)組(200fmol)＋BSA(10fmol)，作為模型實(shí)驗(yàn)類(lèi)樣品，分別使用納升LC、LCMS-IT-TOF系統(tǒng)進(jìn)行分析(n=3)。

對(duì)于檢測(cè)出的肽離子的MS數(shù)據(jù)，使用代謝組學(xué)解析軟件進(jìn)行主成分分析(PCA)，提取以主成分軸分離的變動(dòng)成分，根據(jù)需要，使用自動(dòng)MSn功能等，自動(dòng)取得目標(biāo)肽的MS/MS數(shù)據(jù)，進(jìn)行Mascot檢索、蛋白質(zhì)鑒定。

對(duì)于有無(wú)添加BSA的酵母蛋白質(zhì)組的解析結(jié)果

對(duì)于有無(wú)BSA添加的酵母蛋白質(zhì)組主成分分析的結(jié)果，第一主成分軸(PC1）上獲得了明確的分離，作為來(lái)自添加的BSA的肽所產(chǎn)生的成分檢出。

如上所述，通過(guò)組合主成分分析等多變量解析，可使用軟件只提取顯著的差異性部分。使用這樣的方法，可以在不進(jìn)行穩(wěn)定同位素標(biāo)記或全面鑒定所有成分的情況下，可以?xún)H對(duì)可見(jiàn)變動(dòng)的成分進(jìn)行高效率的檢測(cè)·鑒定。